Ήταν 11 Ιουνίου του 1976 ακριβώς ένα χρόνο από την αλλαγή του πολιτεύματος στην Ελλάδα δίνοντας ένα τέλος στην πολύ ταραγμένη εποχή της χούντας, έμελλε να είναι ημέρα ορόσημο για τον Αχιλλέα Νάουσας όταν μία παρέα καταστηματαρχών από την ενορία Παναγίας επί το πλείστων οικογενειάρχες αλλά και αρκετή νεαρή με αριστερές για την εποχή καταβολές πήραν την μεγάλη απόφαση να δημιουργήσουν μία ποδοσφαιρική ομάδα στην γειτονιά τους. Με πρωτοστάτη τον Χρήστο Πενίδη (φώτο) 
ο οποίος ήταν και ο πρώτος Πρόεδρος του Αχιλλέα) οραματιστής με μεγάλα για την εποχή του φιλόδοξα σχέδια για τον σύλλογο καθώς αποφασίσθηκε να επανιδρυθεί ο σύλλογος που είχε δημιουργηθεί αρχικά το 1932 και δραστηριοποιήθηκε μέχρι το 1958 όταν αποφάσισαν μαζί με τον ποδοσφαιρικό σύλλογο Αθηνά να συγχωνευτούν και να δημιουργήσουν τον Παναουσαϊκό. Το γεγονός ότι ο προπολεμικός Αχιλλέας αλλά και η Αθηνά είχαν καταβολές τόσο διοικητικά όσο και ποδοσφαιρικά από την ενορία της Παναγίας δεν άφηναν κανένα περιθώριο για κάποιο διαφορετικό όνομα από αυτό του Αχιλλέα ,αν και στο τραπέζι έπεσαν και άλλα ονόματα όπως Άρης Παναγιάς- Ερμής -Αθηνά – Αχιλλέας Παναγιάς κλπ αλλά επικράτησε το Αχιλλέας ως Νάουσα και όχι ως Αχιλλέας Παναγιάς μετά από πρόταση του Χρήστου Πενίδη.
Με το ελάχιστο υστέρημα από τους ποδοσφαιριστές και διοικούντες προμηθεύτηκαν την πρώτη ποδοσφαιρική στολή από τον εκ Ναούσης καταστηματάρχη Αλμπανίδη. Χώρος προπόνησης ένα χέρσο οικόπεδο στην περιοχή Κούκου όπου σήμερα στεγάζεται το δημοτικό αθλητικό κέντρο Χρήστος Λαναράς. Τα πρώτα φιλικά ήταν πολύ ενθαρρυντικά και προδίκαζε αναμφίβολα ότι η ομάδα θα στερεώσει στο Ημαθιώτικο ποδόσφαιρο.
(φώτο) Ο Αχιλλέας Νάουσας το 1976 στο γήπεδο των Λευκαδίων. Το 1978 έλαβε για πρώτη φορά μέρος στο πρωτάθλημα Γ. κατηγορίας της ΕΠΣ Ημαθίας με προπονητή των Παύλο Χατζηιωαννίδη τερματίζοντας 3ος ενώ την επόμενη σεζόν κέρδισε την άνοδό του στην Β΄ κατηγορία. Με τον νέο προπονητή πλέων τον παλαίμαχο άσο της Νάουσας Διονύση Μπεσλίκα κατόρθωσε σε μικρό χρονικό διάστημα να την προβιβάσει στην Α΄ κατηγορία.
Ωστόσο η χρυσή εποχή του συλλόγου ήταν αναμφίβολα από το 1982-85 όπου με την έλευση του Τάκη Τασιώνα (φώτο) 
(επίσης παλαίμαχος ποδοσφαιριστής της Νάουσας) ως προπονητής και με βοηθώ τον αείμνηστο Δημήτρη Μαλούνα κατόρθωσαν να δημιουργήσουν όχι μόνο μια ελκυστική και συμπαγή ομάδα , αλλά να δημιουργήσουν και ακαδημίες με περισσότερα από 100 παιδάκια διαφόρων ηλικιών , μάλιστα μερική εξ αυτών αγωνίστηκαν αργότερα σε ομάδες Α΄ και Β΄ εθνικής όπως οι Πολύζος Αντώνης (Παναθηναϊκό) ο αδελφός του Κώστας (ΑΕ Ποντίων) Τσαλδάρης(Βέροια), Τσεχελίδης( Απόλλωνα Κρύας Βρύσης), Αμπάρης (Ηρακλή Θεσσαλονίκης) Σερέτη (Αχαρναϊκό ) Βάνης . Δροσούνης κλπ.
Ταυτόχρονα οι διοίκηση Πενίδη δημιούργησε την Λέσχη του συλλόγου όπου συγκεντρώνονταν παίκτες φίλαθλοι παίζοντας σκάκι .τάβλι, βλέποντας βίντεο των αγώνων της ομάδος από τα παιχνίδια της απολαμβάνοντας καφέ ,αναψυκτικά κλπ. Ενώ στόχος της διοίκησης ήταν η απόκτηση λεωφορείου για της μετακινήσεις της ομάδος το οποίο δεν πραγματοποιήθηκε λόγο κολλήματος από το υπουργείο συγκοινωνιών. Όμως ο μεγαλύτερος στόχος της διοίκησης ήταν η δημιουργία δικού του γηπέδου, ο χώρος βρέθηκε τα εμπόδια όμως πολλά κυρίως οικονομικά πάρα ταύτα μέχρι και σήμερα αυτός ο στόχος παραμένει στην κορυφή της ατζέντας του συλλόγου.
Την περίοδο αυτοί πραγματοποιεί η ομάδα και το πρώτο του διεθνές φιλικό στο ΔΑΚ Νάουσας με
αντίπαλο την ΖΕ-ΤΕ-Ε (φώτο) ομάδα Α΄ Εθνικής Ουγγαρίας 2-0 ημίχρονο για τον φανταστικό Αχιλλέα 2-2 τελικό , ένα αποτέλεσμα ονειρώδης για την ομάδα , μιας και η Ουγγρική ομάδα ήταν αυτοί που κέρδισε και την Βέροια ομάδα Α΄ Εθνικής τότε και τον ΦΑΣ Νάουσα που αγωνίζονταν στην Β΄ Εθνική. Το ίδιο χρονικό σημείο οι Ακαδημίες της ομάδος δίνουν και αυτοί δυνατά φιλικά με άλλες Ακαδημίες πραγματοποιώντας ενθαρρυντικές εμφανίσεις μία εξ αυτών ήταν και επί του Ηρακλή Θεσσαλονίκης , μάλιστα παράγοντες του Ηρακλή και του Αχιλλέα συμφώνησαν να συνεργάζονται στενά οι δύο σύλλογοι για την προώθηση ταλέντων όπως και
έγινε . (φώτο)
Η πολυπόθητη όμως άνοδος για πρώτη φορά στην εθνική ερασιτεχνική κατηγορία επιτεύχθηκε την περίοδο 1981-82 σε αγώνα μπαράζ που έγινε στο εθνικό στάδιο της Βέροιας με αντίπαλο τον Μέγα Αλέξανδρο Τρικάλων.
Στην παρθενική του συμμετοχή στην Εθνική ερασιτεχνική τοποθετείται στον 6ο όμιλο και καλείτο να αντιμετωπίσει τον τότε Μέγα Αλέξανδρο Αλεξάνδρειας και Δόξα Μακροχωρίου από τον νομό Ημαθίας είχε να αντιμετωπίσει και ομάδες από Θεσσαλονίκη όπως την Αναγέννηση Επανομής, Παύλο Μελά ,Ακρίτες Συκεών, Αναγέννηση Νεάπολης ,Καμπανιακό ,ΠΑΟ Κουφαλίων από τον Νομό Φλώρινας –Καστοριάς –Πέλλας τον ΠΑΣ Φλώρινας , Αετό Σκύδρας , Παναργειακό Άργους Ορεστικού , Εθνικό Αξιούπολης τον συνονόματο του Αχιλλέα Κιλκίς ομάδες με ιστορία σε αυτά τα πρωταθλήματα, προσπάθησε αλλά δεν κατόρθωσε να παραμείνει στην κατηγορία καθότι υποβιβάζονταν 9 ομάδες από τον όμιλο.(φώτο)
Η ομάδα του Αχιλλέα στην Δ΄ Εθνική περιόδου 1985-86
Να σημειώσουμε ότι στο τελευταίο παιχνίδι υποδεχόταν στο ΔΑΚ Νάουσας τον Μέγα Αλέξανδρο Αλεξάνδρειας που ήθελε μόνο νίκη και μάλιστα με μεγάλο σκορ για να στεφθεί πρωταθλητής και τα κατάφερε κερδίζοντας τον Αχιλλέα με 5-0 το αποτέλεσμα αυτό με τον τρόπο που σημειώθηκε ανάγκασε τον μακροβιότερο πρόεδρο του συλλόγου όχι μόνο σε παραίτηση αλλά και στην μη ενασχόληση του σε ότι είχε σχέση με την ομάδα ( έφυγε πικραμένος και απογοητευμένος )
Τρείς σεζόν χρειάστηκαν να περάσουν για να ξαναβρεθεί στην εθνική ερασιτεχνική κατηγορία κερδίζοντας σε αγώνα μπαράζ τον Αχιλλέα Κιλκίς στο ΔΑΚ Νάουσας με διαιτητή Α΄ Εθνικής από την Αθήνα πληρώνοντας περισσότερο από 100.000 δραχμές ποσό τεράστιο για την εποχή του αν και δεν χρειάζονταν τα μπαράζ μιας και οι τρείς ομάδες προβιβάστηκαν τελικά στην εθνική ερασιτεχνική με απόφαση της ΕΠΟ. Ο Αχιλλέας με προπονητή πλέων τον Κώστα Αραμπατζή καλείτο να αντιμετωπίσει στον 2ο όμιλο ομάδες από Θεσσαλονίκη ,Χαλκιδική, Σέρρες, και Κιλκίς μεταξύ αυτών ομάδες μεγαθήρια όπως τον Αγροτικό Αστέρα Ευόσμου ,των Ποσειδώνα Μηχανιώνας, Εθνικό Σιδηροκάστρου , ΑΕ Πολυκάστρου αλλά και από την Ημαθία την ΑΕ Αλεξάνδρειας και ΜΑΣ Βεργίνας. Τελικά κατόρθωσε σχετικά άνετα να τερματίσει 8ος στην βαθμολογία . Την χρονιά αυτήν στον σύλλογο αγωνίστηκαν μεγάλα ονόματα προερχόμενοι από ομάδες Εθνικών κατηγοριών όπως οι Φύτος , Παναγιωτίδης από Μελίκη (γνωστός με το παρατσούκλι Βόας) (φώτο)
Ενώ την περίοδο 1991-92 συμμετείχε στον 9ο όμιλο με αντιπάλους τον Κιλκισιακό- Αλμωπό Αριδαίας – Απόλλων Κρύας Βρύσης – Νίκη Αξού – ΑΕ Αλεξάνδρειας – Δόξα Μακροχωρίου και πολλές άλλες πολύ δυνατές ομάδες στο τέλος της σεζόν την βρήκε να ισοβαθμεί με την Δόξα Μακροχωρίου τον Αιγινιακό και τον Αχιλλέα Κιλκίς με 36 βαθμούς ωστόσο κατέλαβε την 15 θέση μια θέση που σήμαινε υποβιβασμό (πικρός μεν αλλά αυτά ίσχυαν την περίοδο εκείνη) σε αντίθεση με τους άλλους τρεις ισόβαθμους του που γλίτωσαν στο παρά πέντε λόγο καλύτερου συντελεστή τερμάτων από τον Αχιλλέα.
¨Εκτοτε ο Αχιλλέας περνώντας διαδοχηκά για αρκετά χρόνια από την Α1 και Α2 άλλοτε με καλές παρουσίες και άλλοτε με μέτριες , φτάσαμε στην περίοδο του 2010-11 όπου με την άνοδό του από την Α2 εδρεώθηκε μέχρι και σήμερα στην Α1 κατηγορία . Προταγωνιστές
αυτής της προσπάθειας ήταν οι διοίκηση Δημήτρη Μπογιατζόγλου (φώτο) 
Γιώργου Ψαρά –Λάκη Ακριτίδη- Βασίλη Χονδρού και πολών άλλων ανθρώπων και κυρίως του τότε προπονητού Σάκη Γλώση .
Μάλιστα την περίοδο 2011-12 κατετάγη 3ος με μικρή διαφορά από τον πρωταθλητή Ένωση Αποστόλου Παύλου και τον δεύτερο Αχιλλέα Νεοκάστρου. Πέρσι παρά το πολύ καλό του έμψυχο υλικό του και με προπονητή- παίκτη τον Παναγιώτη Καραμεταξά παρά το ότι έπαιζε πολύ καλό ποδόσφαιρο δεν κατόρθωσε τίποτε περισσότερο από την παραμονή του στην Α1. Σε αυτό βέβαια συνετέλεσε και η αλλαγή της έδρας του σε ένα μικρό διαστάσεων γήπεδο όπως τον Λευκαδίων μιας και η ομάδα τα τελευταία 10 χρόνια χτίστηκε στο Γιαννακοχώρι σε ένα μεγάλων διαστάσεων γήπεδο.
Όλα αυτά τα χρόνια ο Αχιλλέας Νάουσας έχει να επειδείξει και αρκετές εκδηλώσεις που πραγματοποίησε το πολιτιστικό του τμήμα ( Τιμόντας με συναυλία αρχικά τον Μίκη Θεωδοράκη . στην συνέχεια διοργάνωσε συναυλίες με Κώστα Χατζή –Ανδρεάτο-κλπ) Ενώ στην πολύχρονη παρουσία του στο ημαθιώτικό ποδόσφιαρο έχει πέρα από τα πολλά πρωταθλήματα .και ένα κύπελο το οποίο κατέκτισε το 1991 αντιμετοπίζοντας στον τελικό τον Εθνικό Κλειδίου.
Τα τελευταία χρόνια η ομάδα στηρίζεται στα δικά της κυρίως νεαρά σε ηλικία παιδιά αποφεύγοντας τα όποια λάθη του παρελθόντος που αμέ τι άλλο στοίχισαν αρκετά στην ομάδα, βάζοντας νέες γερές βάσεις για ένα καλύτερο μέλλον τόσο τις ομάδας όσο και των ποδοσφαιριστών της , σε καμία περίπτωση δεν είναι η διοίκηση διαθεθημένη να απλώσει τα πόδια της πέρα από αυτό που τις χωράει το πάπλωμα , σε αντίθεση άλλων ομάδων που κάνουν ονειρεμένα πολυέξοδα ταξίδια και στο τέλος επιστρέφουν ξυπόλητη , το βλέπουμε συνεχώς τόσο στην ΕΠΣ Ημαθίας αλλά και σε άλλες ενώσεις , άλλωστε το έχουν βιώσει και οι ίδιοι παλιότερα.